น้ำผึ้งที่ตกผลึกเป็นน้ำตาลที่ก้นขวด เกิดจากกระบวนการที่เรียกว่า การตกผลึกของน้ำผึ้ง (Honey Crystallization) ซึ่งเป็นกระบวนการทางธรรมชาติที่เกิดขึ้นได้กับน้ำผึ้งแท้เกือบทุกชนิด ไม่ใช่สัญญาณว่าน้ำผึ้งเสียหรือปลอม
สาเหตุหลักของการตกผลึก:
สัดส่วนของน้ำตาล: น้ำผึ้งประกอบด้วยน้ำตาลหลักสองชนิด คือ กลูโคสและฟรุกโตส น้ำผึ้งที่มีปริมาณกลูโคสสูงมีแนวโน้มที่จะตกผลึกเร็วกว่าน้ำผึ้งที่มีปริมาณฟรุกโตสสูง เพราะกลูโคสมีความสามารถในการละลายในน้ำได้น้อยกว่าฟรุกโตส
ความชื้น: น้ำผึ้งที่มีความชื้นสูง มีแนวโน้มที่จะตกผลึกช้ากว่าน้ำผึ้งที่มีความชื้นต่ำ
ละอองเกสร: ละอองเกสร เศษขี้ผึ้ง และสิ่งอื่นๆ ที่ปนอยู่ในน้ำผึ้ง สามารถเป็นตัวเร่งให้เกิดการตกผลึกได้
น้ำผึ้งที่ตกผลึกยังสามารถรับประทานได้ตามปกติ และไม่ได้เสียคุณค่าทางโภชนาการ หากต้องการให้น้ำผึ้งกลับมาเหลวเหมือนเดิม สามารถอุ่นขวดน้ำผึ้งในน้ำอุ่น โดยควบคุมอุณหภูมิไม่ให้เกิน 40 องศาเซลเซียส เพื่อป้องกันการสูญเสียคุณค่าทางโภชนาการ